• Lịch triều hiến chương loại chí[9]
• Hoàng Việt dư địa chí
• Mai Phong du Tây thành dã lục
• Hoa thiều ngâm lục (tập thơ đi sứ sang Trung Quốc)
• Hoa trình tục ngâm
• Hải trình chí lược, hay còn gọi là Dương trình ký kiến (ghi chép những điều trông thấy lúc đi Batavia)
• Lịch đại điển yếu thông luận, v.v...

Nhìn chung, Phan Huy Chú nổi tiếng là nhà nghiên cứu, biên khảo, hơn là nhà thơ, nhà văn. Tác phẩm có giá trị nhất của ông là bộ Lịch triều hiến chương loại chí. Đây có thể xem là "bộ bách khoa toàn thư" đầu tiên của Việt Nam[10]. Kế tiếp, đáng kể nữa là bộ Hoàng Việt dư địa chí, ghi chép về địa lý Việt Nam[10].